Dabartine Dzūkijos sostine tituluojamas Alytus. Tačiau nuo seniausių laikų Dzūkijoje svarbus ekonominis, kultūrinis, teritoriją administruojantis ir organizuojantis centras buvo ir Merkinė. Trakų vaivadijai priklausė Alytaus ir Merkinės vėliavos, pagal kurias skirstėsi šių apylinkių bajorai karo atveju. Alytaus vaidmenį padidino XVI a. įkurta Alytaus ekonomija, taip pat 1775 m. iš Trakų ir Merkinės į Alytų perkelti pavieto teismai. Nuo XIX a. politiškai, ekonomiškai, administraciškai ir kultūriškai pradėjo dominuoti Alytus, vėliau susiformavo mažesnieji Dzūkijos centrai – Varėna ir Lazdijai.