Dzūkijos pavadinimas pradėtas vartoti tik XIX a. Jis kilo nuo dzūkų tarminės ypatybės dzūkuoti, t. y. tarti „c“ ir „dz“ vietoj „t“ ir „d“. Tačiau Dzūkija turi ir kitą savo krašto vardą – Dainava, kuris yra siejamas su vėlyvajame geležies amžiuje dešiniajame Nemune krante ir Merkio baseine gyvenusia jotvingiams priklausiusia dainavių gentimi. "Terra Deynowe" (Dainavos žemė) pirmą kartą paminėta 1253 m. karaliaus Mindaugo donaciniame akte Livonijos kryžiuočiams.  Dainavos pavadinimą XX a. ypač išpopuliarino Vincas Mickevičius-Krėvė.